سبق للمنظمة المصرية لحقوق الإنسان منذ صدور تقريرها الأول عن التعذيب عام 1990 أن تقدمت إلى السلطات المصرية المختصة عددا من التوصيات من أجل اتخاذ الإجراءات والتدابير المختصة التي تكفل التصدي لظاهرة استشراء التعذيب في مصر .
ومن ثم تجدد المنظمة المصرية دعوتها من أجل تنفيذ التوصيات التي قدمتها المنظمة من قبل كما تحثها علي تنفيذ التوصيات التالية
1. ضرورة تصديق الحكومة المصرية على الإعلانين المشار إليهما في المادتين ( 21،22 ) من الاتفاقية الدولية لمناهضة للتعذيب بالأمم المتحدة وأن تبت في الشكاوى المقدمة من دول وأشخاص تتعلق بانتهاك الحكومة المصرية التزامها بها بموجب أحكام الاتفاقية.
2. تعديل نص المادة 126 من قانون العقوبات لكي تتواءم مع نص المادة الأولي من الاتفاقية الدولية لمناهضة التعذيب التي صادقت عليها مصر عام 1986 .
3. سرعة البت في المشروع والذي سبق أن تقدمت به المنظمة المصرية والخاصة بتعديل بعض نصوص المواد الخاصة بالتعذيب في قانوني العقوبات المواد ( 126 ، 129 ، 280 ( وقانون الإجراءات الجنائية ( 232 ، 63 ) .
4. إصدار قانون ينص على العمل بنظام الشرطة القضائية على أن تتبع وزارة العدل ويعهد إليها بإعمال الضبطية القضائية وسائر المهام التي تعين على سير العدالة وتنفيذ الأحكام .
5. استصدار تشريع يقر حق المدعي المدني في الادعاء المباشر أمام محكمة الجنايات في جرائم الاعتداء علي الحياة الخاصة للمواطنين ومن بينها الجرائم المنصوص عليها في مواد قانون العقوبات رقم 126 والتي تعاقب كل من عذب متهما لحمله على الاعتراف والمادتين 280،282والتي تعاقب علي القبض بدون وجه حق .
6. إلغاء القانون رقم 121 لسنة 1956 الخاص بتعديل المادة 63 من قانون الإجراءات الجنائية والذي يحصر الحق في رفع الدعوى العمومية ضد الموظفين العموميين من في حكمهم ومنهم ضباط الشرطة في النيابة العامة والعودة إلى النظام القديم الذي كان يمنح المجني عليه حق الادعاء المباشر .
7. التصديق على البروتوكول الاختياري الأول الملحق بالعهد الدولي للحقوق المدنية والسياسية للسماح للجنة المعنية لحقوق الإنسان بتلقي الشكاوى الفردية المتعلقة بانتهاك العهد والنظر فيها .
8. التصديق على البروتوكول الاختياري الملحق باتفاقية مناهضة التعذيب 2002 الذي توافق بمقتضاه الدول الإطراف علي السماح للخبراء الدوليين المستقلين بتنظيم زيارات دورية إلي المعتقلات في هذه الدول ووضع إليه وطنية لتنظيم زيارات إلي المتعقلات والتعاون مع الخبراء الدوليين.
9. النص في قانون الإجراءات الجنائية على حق المتهم في الاستعانة بمحام أثناء سؤاله في القسم .
10. إلغاء قانون الطوارئ رقم 162 لسنة 1958
11. التحقيق الفوري من قبل النيابة العامة في البلاغات المقدمة من الهيئات والأفراد ومنظمات حقوق الإنسان بشان الاعتداءات التي يتعرض لها المحتجزون في السجون وأماكن الاحتجاز وإعلان نتائج التحقيقات .
12. ضرورة قيام النيابة العامة بالتفتيش الدوري على مراكز و أقسام الشرطة و أماكن الاحتجاز للتعرف علي الأوضاع القانونية للمحتجزين وضبط الأدوات المستخدمة في التعذيب ومحاسبة مستخدميها .
13. إجراء تحقيق إداري مواز للتحقيقات التي تجريها النيابة العامة مع ضباط الشرطة المرتكبين للمخالفات قانونية ضد المواطنين في أقسام الشرطة ومحاسبتهم تأدبيا .
14. إنشاء إلية تحقيق دائمة مستقلة تشمل قضاة ومحامين وأطباء تقوم بفحص جميع ادعاءات التعذيب التي تحدث في أقسام ومراكز الشرطة وتقديم المسئولين عنها للمحاكمة وعلي أن تخول السلطات اللازمة لدخول جميع مراكز الاحتجاز والوصول إلي المعلومات والبيانات التي تحتاجه والي كل الأشخاص الذين ترغب في الاستماع إليهم و ألا ينحصر دورها في المسائل الثانوية بل يمتد إلى الاحاطة بالإبعاد السياسية والاجتماعية والنفسية لظاهرة العنف داخل أقسام الشرطة وتقديم الحلول اللازمة لوقف هذه الظاهرة .
15. وضع ضوابط ومقاييس وتعليمات ثابتة ومحددة لمراقبة أداء ضباط الشرطة وخاصة في إدارات المباحث ، وأن تكون هذه المقاييس مستقلة عن مدى توصلهم للفاعل في الجرائم التي يقومون بالتحري بشأنها حيث أن الربط بينها وبين المصير الوظيفي للضابط يدفع أحيانا نحو انتهاك حريات المواطنين والاعتداء.
16. إعداد دورات تثقيفية وتدريبية عاجلة لضباط الشرطة وخاصة العاملين في إدارات المباحث الجنائية حول كيفية التعامل مع المحتجزين داخل أقسام ومراكز الشرطة بما يضمن احترام كرامة المواطن وحرياته الأساسية التي كفلتها نصوص الدستور والقانون وأحكام المواثيق الدولية المعنية بحقوق الإنسان التي التزمت بها الحكومة المصرية ، وذلك بالمواكبة مع تدريس مادة حقوق الإنسان في المناهج الدراسية بأكاديمية الشرطة ومعاهد ومدراس التدريس التي يجري فيها الإعداد المهني لرجال الشرطة وبالأخص معاهد أمناء و مندوبي الشرطة .
17. ضرورة تعاون السلطات مع منظمات حقوق الإنسان والتحقيق في البلاغات المقدمة منه إلي النائب العام و وزير الداخلية وتزويدها بالمعلومات ونتائج التحقيقات وتمكين مندوبيها من تفقد أحوال السجون ومراكز الاحتجاز المختلفة وزيارة أقسام الشرطة .